作業中に作成した全レイヤーは、ご入稿の際には一つのレイヤーに統合していただく必要があります。
後からの修正を考慮して、元のデータはレイヤーを含んだ状態で保存し、入稿用としてレイヤーを統合したデータを別名で保存することをおすすめします。
入稿用データを保存する時の「オプションを保存」の所の「レイヤー」のチェックを外し「複製を保存」にチェックが入っている状態で名前を変えて保存をします。

その他のレイヤーの統合の仕方は「レイヤー」メニューから「画像を統合」を選択するか、「レイヤーパレット」のオプションメニューから「画像を統合」を選択する方法があります。